Selon la légende populaire, la pizza Margherita a été inventée en 1889 par Raffaele Esposito, chef de la Pizzeria Brandi. La pizza aurait été créée en l’honneur de l’unification de l’Italie, les trois garnitures – basilic, mozzarella et tomate – représentant respectivement le vert, le blanc et le rouge du drapeau italien. L’histoire prétend également qu’Esposito a donné à sa tarte le nom de la reine d’Italie, Marguerite de Savoie. Aujourd’hui, une plaque près de la Pizzeria Brandi marque l’endroit comme étant le lieu de naissance de la pizza Margherita. Elle a été inaugurée en 1989, à l’occasion du 100e anniversaire de son invention.
Cette histoire est cependant très probablement une fiction. La pizza était probablement réellement servie à la Pizzeria Brandi, mais l’utilisation de ces trois garnitures était déjà assez répandue à Naples depuis des décennies, et elle est décrite dans un livre de 1866. Elle a peut-être été baptisée « Margherita » à la Pizzeria Brandi, mais certaines sources affirment que le nom pourrait également provenir de la disposition des tranches de mozzarella comme les pétales d’une marguerite (margherita en italien).